Melisa cytrynowa najczęściej spożywana jest w formie herbaty. Napój ze świeżej melisy jest zdecydowanie bardziej aromatyczny niż przygotowany z suszu, ponieważ suszona melisa cytrynowa traci aromat cytrynowy. Melisa działa uspokajająco, często stosowana jest przy bezsenności oraz depresji. Pomaga w bólach głowy, zwalczaniu gorączki, bólach menstruacyjnych. Znajduje zastosowanie przy problemach żołądkowych – pobudza trawienie i zwiększa wydzielanie soku żołądkowego. Zmniejsza gazy i wzdęcia pomaga przy rozstrojach żołądka i przewodu pokarmowego. Inhalacje z dodatkiem melisy cytrynowej mają korzystny wpływ przy atakach alergii i na kaszel.